Відповідаючи на соціальний запит українського суспільства, керівництво Національної академії наук, Інституту історії України НАН України, Служби безпеки України спільно з Державним комітетом по пресі, Українським історико-просвітницьким товариством "Меморіал", Всеукраїнською Спілкою краєзнавців ініціювали Державну програму науково-документальної серії книг "Реабілітовані історією" — видання, яке відновлювало б історичну пам'ять про трагічні сторінки нашої історії.

Багатотомне видання має ґрунтовно висвітлювати трагічні події в історії України, повернути їй незаслужено забуті імена державних діячів, науковців, митців, робітників і селян, вшанувати тих, хто боровся за свободу і незалежність України.

В Інституті історії України НАН України на відділ регіональних проблем історії України було покладено науково-методичне забезпечення виконання Державної програми "Реабілітовані історією".

Фахівці відділу розробили Методичні рекомендації науково-документальної серії книг "Реабілітовані історією", в яких визначили методологію наукового дослідження, структурували обласні томи.

Структура кожного обласного тому включає декілька книг. У першій книзі публікується вступна стаття-дослідження, в якій особлива увага звертається на особливості функціонування радянського режиму на території области, вміщено нариси про незаслужено забутих та репресованих державних діячів, діячів науки, культури, політиків, робітників, селян, що дають читачеві можливість уявити масштабність "соціальної чистки" радянського суспільства. Розділ "Мовою документів" дає уявлення про методи роботи радянських спецслужб. У книгах подаються також списки репресованих, підготовлені на основі архівно-слідчих справ. Кількість книг по кожній області залежить від кількости репресованих громадян.

Підписані Президентом України В. Ющенком укази щодо увічнення пам'яти жертв Голодомору та політичних репресій суттєво прискорили роботу обласних державних адміністрацій щодо підготовки та друку обласних томів науково-документальної серії книг "Реабілітовані історією". Треба підкреслити, що коли розгорталася Державна програма "Реабілітовані історією", дослідники не мали належного уявлення ані про масштаби політичних репресій, ані про кількість архівних документів, які підлягали вивченню, ані про місця зберігання їх. Спочатку планувалося видати 25 томів. Однак на 2008 рік видано та рекомендовано до друку 48 томів. Усього передбачається видати більш як 100 томів.

На допомогу дослідникам, виключно за спонсорські кошти, надруковано 22 числа наукового часопису "З архівів ВУЧК-ГПУ-НКВД-КҐБ", аналогів якому немає на теренах колишнього Радянського Союзу. Упродовж останнього десятиліття журнал є єдиним спеціалізованим виданням на пострадянському просторі, де публікуються наукові розробки з історії колишніх радянських спецслужб, дослідження щодо становлення та різних аспектів функціонування радянської тоталітарної системи. До друку здано наступні три числа журналу.

Співробітники обласних редакційних груп за архівно-слідчими справами, які знаходяться у Національному архівному фонді України, працівники обласних науково-редакційних груп виявили й склали картки на більш як 700 тисяч репресованих громадян. Розпочата робота з встановлення імен громадян, депортованих під час масової насильницької колективізації 1920-1930 років та боротьби з ОУН і УПА із Західної України в 1940-1950-х роках.

Головна редколегія звернулася до Президента України щодо реалізації її давнього задуму — створення Національного банку даних про жертви політичних репресій, яке планувалося з самого початку роботи редколегії. Нині вже існують електронні бази даних практично в усіх областях України. Їх лише треба об'єднати та викласти на загальне користування в мережу Інтернет.

Успішність цієї Державної програми залежить від ступеня виявлення та опрацювання джерельної бази. Головна редакція вже постала перед необхідністю опрацювання матеріалів з архівосховищ Державного архіву Російської Федерації, Російського державного архіву соціально-економічної історії і — обов'язково — Центрального архіву Федеральної служби безпеки Росії. Потрібно виявити увесь комплекс документів україніки в тих країнах, у які доля закинула українців, що рятувалися від політичних репресій. Тут велику й багатогранну роботу може здійснити Міністерство закордонних справ України, яке на рівні міждержавних відносин спроможне домовитися щодо копіювання й передачі в Україну необхідних джерел.Одночасно, залучивши потенціал громадських організацій, зокрема Всеукраїнської спілки краєзнавців, треба організувати збір усних свідчень громадян, які пам'ятають тяжкі роки лихоліття, хрущовських реформ, брежнєвського "застою", і на основі їх укомплектувати власний "архів усної історії".

Виконання державної програми "Реабілітовані історією" — це величний пам'ятник безвинно убієнним нашим співвітчизникам, вирок тоталітарній системі.
Георгій Лукьянчук